Il Chihuahua è in assoluto la razza più piccola al mondo: al contrario di quanto si possa pensare, però, il suo fisico è robusto e ben compatto. La testa è di grandi dimensioni, ma sempre in armonia con il corpo. Il cranio a forma di mela, gli occhi ben distanziati, non sporgenti e di colori scuro e la fronte spaziosa sono caratteristiche molto apprezzate nei Chihuahua. Le orecchie, poste in basso rispetto alla testa, sono grandi ed erette, ma la punta deve essere arrotondata. Il collo è leggermente arcuato, non particolarmente lungo. Il tronco è ben compatto, con un torace largo e definito e un addome retratto. Le zampe posteriori sono un po' angolate al ginocchio.

La coda è posta in alto, può essere dritta o a semicerchio; quella a maialino è ritenuta un difetto nelle expo. Sono accette tutte le variazioni di colore; lo Standard ha però escluso il "merle" tra i colori ammessi con modifica in vigore dal 21 ottobre 2009: infatti il merle è un gene che modifica il colore di base del mantello del chihuahua, causando la comparsa di chiazze. Il gene merle è costituito da due alleli: M (merle) e m (non merle), dove il merle è dominante sul non merle. Quindi per avere la diluizione merle sul colore di base basta che il gene sia presente su uno dei cromosomi. Ciò vuol dire che se abbiamo un cucciolo merle, sapremo con certezza che almeno uno dei genitori è merle.

Il merle non esiste naturalmente come colore nella razza: la sua recente e ampia diffusione fa pensare quindi che ciò non sia dovuto a una mutazione spontanea, quanto piuttosto ad accoppiamenti di chihuahua con altre razze (per esempio bassotti e spitz). I chihuahua merle quindi non sarebbero di razza pura, ma incroci tra razze diverse: per questo motivo - e per i vari problemi che il gene merle porta con sé - diversi Paesi (come la Germania e l'Inghilterra) hanno vietato la riproduzione dei merle. Negli Stati Uniti sono nati anche diversi movimenti contro la riproduzione dei chihuahua merle, che avanzano petizioni all'American Kennel Club per escludere appunto il merle dai loro registri. Infatti il merle, soprattutto quando si presenta nella forma omozigote, porta con sé gravi patologie quali cecità e sordità.

Diversi studi hanno dimostrato che nei merle ritroviamo più spesso mancanza del Tapetum Lucidum (uno strato riflettente posto dietro o all'interno della retina degli occhi che aumenta la capacità visiva in condizioni di bassa luminosità), mancanza del pigmento retinico, microftalmia, micro cornea, microcora, infezioni all'orecchio medio, sterilità, emofilia. I problemi congeniti che il merle porta con sé possono comparire in qualsiasi momento ed è vivamente sconsigliato far accoppiare due chihuahua merle in quanto: visto che entrambi sono portatori del gene, aumenta ancora di più la probabilità che i cuccioli manifestino delle patologie.